派遣社員の通勤手当はどう支給する？支給方法と人事労務の3つの管理課題
2020年の法改正以降、派遣社員への通勤手当支給は原則必須となりました。
これは「同一労働同一賃金」の考え方に基づいたものになります。
しかし派遣社員へ支給する通勤手当は、派遣先ではなく派遣会社が支給することになっており、また細かな取り決めがあるなど、実務を担当する人事・労務部門からは「経理・給与計算が煩雑になった」「最適ルートのチェックが追いつかない」といった悩みの声が多く聞かれます。
本記事では、通勤手当の支給ルールや支給方式、税金や社会保険料への影響など、派遣社員の通勤手当に関する情報を詳しく解説します。
この記事でわかること
- ・ 同一労働同一賃金に基づく通勤手当支給の仕組み
- ・ 派遣会社が決定する通勤手当の支給方式と方法
- ・ 通勤手当が支給されない、または時給に含まれるケース
- ・ 通勤手当が所得税や社会保険料に与える影響
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法改正により派遣社員も通勤手当が支給されるようになった
2020年4月1日に施行された「労働者派遣法」により、派遣社員にも通勤手当が支給されることが原則となりました。
これは、正規雇用労働者と非正規雇用労働者の間の不合理な待遇差を解消することを目指す
「同一労働同一賃金」の考え方に基づいています。
この法改正に伴い、労働者派遣を行う派遣会社は、派遣社員に対して通勤手当を適切に支給する責任を負うことになりました。
「同一労働同一賃金」の考え方
「同一労働同一賃金」とは、同じ企業内で同じ業務内容に従事する労働者に対し、雇用形態を理由に待遇差を設けることを禁止する原則です。
詳しくは厚生労働省の「同一労働同一賃金特集ページ」をご参照ください。
派遣労働者の場合、比較対象となるのは派遣先で同じ仕事をしている正社員になります。
基本給や賞与だけでなく、通勤手当を含む各種手当もこの原則に含まれます。
派遣会社は派遣先の労働者との均等・均衡を図る「派遣先均等・均衡方式」か、一定の要件を満たす労使協定を締結する「労使協定方式」のいずれかを選択し、派遣労働者の待遇を決定します。
派遣先均等・均衡方式と労使協定方式の概要は以下の通りです。
| 派遣先均等・均衡方式 | 派遣先企業の待遇に合わせて待遇を決定 | |
| 労使協定方式 | 派遣元会社と労働者間で派遣社員の待遇を決定 | |
これにより、派遣先の正社員に通勤手当が支給されているのであれば、派遣社員にも不合理な差がないように支給されることになります。
同一労働同一賃金と通勤管理については「「同一労働同一賃金」と通勤管理の関係」で詳しく紹介しています。
派遣社員への通勤手当の支給方式は派遣会社が決定する
通勤手当の具体的な支給方式は、雇用主である派遣会社が決定します。
同一労働同一賃金の原則に基づき、派遣先の正社員に支給されている方法に合わせることが多いものの、必ずしも同一である必要はありません。
例えば、派遣先の会社では「実費支給」であっても、派遣会社が「定額支給」を選択する場合があります。
重要なのは、通勤手当を含めた全体の待遇において、派遣先の正社員との間に不合理な差が生じないことです。
派遣社員の通勤手当、２つの支給方法
派遣会社が派遣社員に支払う通勤交通費の支給方法には、主に「実費支給」と「定額支給」の2種類が存在します。
実費支給は実際にかかった費用が支払われる方法で、定額支給は毎月決められた金額が支払われる方法です。
| 実費支給 | 通勤でかかった費用を実費で支給 | |
| 定額支給 | 一定額を毎月支給 | |
どちらの方式が採用されるかは雇用主である派遣会社の規定により決まります。
①実際にかかった交通費を全額支給する「実費支給」
実費支給は、自宅から就業場所までの通勤にかかった費用を、派遣会社が実費で支払う方法です。
多くの場合、電車やバスといった公共交通機関を利用する際の、最も経済的で合理的な経路にかかる費用が対象となります。
この方式の利点は、通勤にかかる金銭的な自己負担がなくなる、あるいは大きく軽減されることです。
②毎月一定の金額を支払う「定額支給」
定額支給とは、実際の通勤にかかる費用や日数に関わらず、あらかじめ決められた一定額を毎月支払う方式です。
この支給額は、派遣会社が独自の規定に基づいて算出しており、月額一律で1万円といった固定額を設定する場合や、出勤1日につき500円のように日額で定める場合など、運用ルールは会社ごとに異なります。
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派遣社員に通勤交通費を支給しないケースとは
同一労働同一賃金の原則により通勤手当の支給が基本となりましたが、すべての派遣社員に対して必ず手当が別途支払われるわけではありません。
状況や条件によっては支給対象外となるケースもあります。
交通費を時給に含んでいる場合
派遣社員の給与体系では通勤手当を別途支給せず、その代わりに基本時給を高く設定するケースが見られます。
同一労働同一賃金の原則が導入された後、非正規雇用労働者にのみ「交通費は給与に含む」という条件を適用することは原則として違法となります。
ただし、正規雇用労働者に対しても通勤手当が支給されない場合は、非正規雇用労働者への支給も必須ではありません。
派遣労働者の場合は、派遣元が「派遣先均等・均衡方式」と「労使協定方式」のどちらを採用しているかによって、通勤手当の取り扱いが異なります。
特に「労使協定方式」を選択している場合は労使協定に基づき
「時給に一定額（2026年時点では79円以上）を加算する」
という支給方法が選択されることがあります。
この場合、時給に手当相当額が含まれる形になりますが、これは労使協定で定められた方式によるものであり、「時給に手当相当額が含まれていれば単純に違法ではない」というわけではありません。
また、通勤手当を時給に含めて支給すると、その部分も所得として扱われるため、労働者の所得税や住民税が増加する可能性があります。
通勤手当の支給条件を満たしていない場合
派遣会社が独自に定めている交通費の支給規定を満たしていない場合は、手当を受け取ることができません。
例えば、自宅から派遣先までの距離が近すぎる場合や、指定された公共交通機関の定期代の範囲外となる独自のルートを利用した場合などが考えられます。
その他、自動車や自転車での通勤には支給しないといったルールが設けられていることも考えられます。
通勤手当による所得税、社会保険料への影響
派遣社員への通勤手当を支給する際、以下の点については事前に知っておくべき注意点になります。
- ・所得税の非課税限度額
- ・社会保険料への影響
ここでは、通勤手当に関連する重要なポイントを解説します。
通勤手当の非課税限度額への影響について
通勤手当は、一定の金額までは所得税が課税されない非課税扱いとなります。
公共交通機関を利用する場合は1ヶ月あたり15万円が上限です。
自動車や自転車の場合は、片道の通勤距離に応じて非課税限度額が定められています。
この非課税限度額を超えた金額は給与所得とみなされ、課税の対象となります。
詳しくは国税庁の「No.2582 電車・バス通勤者の通勤手当」「No.2585 マイカー・自転車通勤者の通勤手当」をご参照ください。
なお、同一労働同一賃金の「労使協定方式」では通勤手当を時給に上乗せして支払うケースもあり、
例えば全国平均の通勤手当額を基に算出した時給79円（2026年度の例）といった額が加算されることがあります。
基本給与とは別に、明確に「通勤手当」として支給されているのであれば、非課税限度額のルールは同様に適用されます。
通勤手当の非課税限度額については
「通勤手当に課税されているのはなぜ？！所得税と通勤手当の関連について」
で解説していますので、ご参照ください。
社会保険料の負担額への影響について
通勤手当は、社会保険料（健康保険料、厚生年金保険料、雇用保険料など）の算定基礎となる「標準報酬月額」に含まれます。
社会保険と通勤手当の関係については、以下コラムで詳しく紹介していますので、あわせてご参照ください。
「通勤手当と社会保険料、どう関係している？｜その計算方法について」
「通勤手当の変更時には社会保険料の随時改定が必要？｜条件と注意点を解説」
また、介護休業給付金と通勤手当については「介護休業給付金と通勤手当」で詳しく紹介しています。
派遣先企業が注意すべきインボイス制度への対応
派遣社員の通勤手当や出張経費を処理する際、派遣先となる企業側はインボイス制度への対応にも留意する必要があります。
費用の性質や派遣会社の課税区分によって、消費税の仕入税額控除のルールが異なるためです。 経理上の処理を正しく行うためのポイントを整理します。
通勤手当と業務交通費における消費税処理の違い
人材派遣会社から請求される派遣料金に含まれる通勤手当については、派遣先企業が人材派遣会社から適格請求書（インボイス）を受領・保存することで、消費税の仕入税額控除の対象となります。
これは人材派遣が、サービス利用に対する支払いであり、消費税の課税対象となるためです。
一方、派遣社員が業務上の出張などで立て替えた経費などの交通費に関しては、支払方法と契約内容によって「出張旅費等特例」の適用を検討可能です。
この特例を活用すれば、派遣先企業が派遣元企業を通じて派遣社員に出張費用を支払う場合、一定の要件を満たすときに限り、インボイスがなくても帳簿への正確な記載のみで控除を受けられることがあります。
この場合、派遣契約書等で派遣元企業が旅費を「預かり金」として受け取り、社員に支払う旨が明示されている必要があります。
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通勤管理の課題
通勤手当の支給対象となる通勤経路は、派遣会社に申請し、承認を得る必要があります。
一般的に認められるのは、自宅から派遣先までの「最も経済的かつ合理的な経路」となり、 移動時間や費用を総合的に判断して最も効率的とされるルートで、多くの場合、最短・最安の経路が基準となります。
合理的な経路の判定が難しい
どの通勤ルートが最も経済的かつ合理的と判断するかという最適経路の判定は難しい問題です。
実際の通勤においては利便性や所要時間も無視できません。
例えば、運賃が最も安い経路であっても、乗り換え回数が極端に多かったり、接続待ち時間が長すぎたりする場合は合理的な経路とは言い難いケースがあります。
また、自宅や勤務先の最寄り駅が地図上の直線距離で最も近い駅が必ずしも最適とは限りません。
少し離れた駅を利用する方が所要時間を大幅に短縮できることもあるため、判定基準は複雑化しがちです。
こうした背景から、申請された経路が妥当かどうかを一つひとつ精査する労力が発生します。
特に複数の鉄道路線が入り組む都市部では、候補となる経路が膨大になり、担当者によって判断にばらつきが生じる可能性もあります。
日割・実費精算の煩雑さ
昨今の働き方の多様化により、週3日勤務や時短勤務、さらには在宅勤務と出社を組み合わせるハイブリッドワークが普及しました。
これにより、一律で月額の定期代を支給する運用から、実際に出勤した日数分だけを支払う実費精算への切り替えが進んでいます。
実費精算を採用する場合、毎月の勤怠データと照らし合わせ、出勤日数に応じた支給額を一人ひとり算出しなければなりません。
特に派遣社員は契約更新や就業条件の変更が頻繁に発生するため、計算対象となる期間や単価の確認に多大な時間を要します。
手作業での修正はミスを誘発する原因となります。
派遣でよくある拠点の異動への対応
派遣社員の働き方では、一つの契約期間中に複数の就業場所を巡回したり、契約更新のタイミングで勤務拠点が変更になったりするケースが少なくありません。
こうした拠点の異動が発生するたびに通勤経路の再申請と再確認が必要になります。
管理担当者はその都度、合理的な経路判定を行う負担を強いられます。
特に月をまたいで拠点が移動する場合や、月の途中で勤務地が変更になる場合には、旧拠点までの定期代の払い戻し計算や、新拠点までの日割り計算を並行して行う必要があり、事務作業の工数が急増します。
また、同一の派遣期間内であっても、日によって異なる拠点で就業する形態では、従来の「一律の定期代支給」という運用はできず 実費精算をベースにすることになりますが、日々の就業場所と実際に利用した交通手段を突き合わせる作業は非常に煩雑です。
こうした拠点移動が頻繁な派遣現場においては、手作業による計算は支給漏れや二重支払いのリスクを高めます。
まとめ
2020年4月の法改正により、「同一労働同一賃金」の原則が適用され、人材派遣の社員にも原則として通勤手当が支給されるようになりました。
派遣社員へ通勤手当を支給する方式には「派遣先均等・均衡方式」と「労使協定方式」の２通りが、支給方法には「実費支給」と「定額支給」があり、どちらが採用されるかは雇用主である派遣会社の規定によります。
基本的には「最も経済的かつ合理的な経路」が通勤経路として採用されることになりますが、その判定自体が難しく煩雑な業務になりますし、ハイブリッドテレワークや、拠点異動など、派遣社員の通勤管理業務は常に煩雑で負荷が高い業務です。
通勤手当は一定額まで所得税が非課税となる一方、社会保険料の算定基礎には全額が含まれ、手取り額や将来の年金額に影響を与えることにもなり、 複雑なルート判定、日割精算や勤務拠点異動への対応など、派遣社員の通勤経路や通勤手当額の正確な管理を行うためには、手作業では難しい業務です。
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監修者：土田恵理
製造業の社内ＳＥを経てバイトルヒクマ入社。入社後は通勤管理ソリューションの専門ＳＥ一筋、数多くの企業での通勤管理業務の効率化プロジェクトに参画したのち、通勤管理Ａｒｖｏの初期開発リーダーを務める。
現在は、エバンジェリスト・営業・広報・マーケティングなど多角的に活動。
